Diceritakan bahwa Hashirama dihormati sebagai ninja yang paling ditakuti pada masanya. Ia amat dihormati dan bahkan saingannya sendiri, Madara Uchiha, menghormati kekuatannya. Hanya ada satu orang yang mampu menghadapinya, dan hanya ada satu klan yang mampu menghadapi klannya, yaitu Madara Uchiha dan klan Uchiha.
Pada awalnya Hashirama merupakan pemimpin klan Senju. Selama masa peperangan pertama, klan Senju dihormati sebagai salah satu dari dua klan terkuat di dunia, menyaingi klan Uchiha. Oleh sebab itu, klan Senju sering bertikai dengan klan Uchiha dan Hashirama sendiri sering melawan Madara Uchiha secara pribadi. Karena lelah dengan pertikaian, Hashirama dan klannya mendatangi klan Uchiha untuk mengajukan perdamaian. Setelah bersekutu dengan klan Uchiha, kedua kelompok tersebut mendirikan Konohagakure yang berkembang menjadi salah satu dari lima negara shinobi terbesar.
Kemudian, Madara meninggalkan Konoha setelah ia mengambil mata adiknya sendiri. Konflik tersebut mengakibatkan pertarungan antara Hashirama dan Madara di Lembah Akhir. Pertarungan tersebut dimenangkan oleh Hashirama. Untuk mengenang pertarungan tersebut, didirikan patung Hashirama dan Madara di Lembah Akhir. Kedua patung tersebut berdiri mengapit air terjun sambil berhadap-hadapan.
Bagaimanapun juga masa perang masih berlanjut, dan sambil memikirkan masa depan Konoha, Hashirama dan adiknya, Tobirama Senju, melatih Hiruzen Sarutobi, Hokage Konoha di masa depan. 
Dalam seri manga dan anime Naruto, Tobirama Senju yang bergelar sebagai Hokage Kedua (Nidaime Hokage), adalah adik Hashirama Senju, Hokage Pertama. Tobirama merupakan anggota klan Senju. Ia bergelar Hokage, gelar bagi ninja terkuat di Konohagakure, sebuah desa fiktif kediaman para ninja. Tobirama dan kakaknya merupakan guru bagi Hiruzen Sarutobi, Hokage Ketiga.
Diceritakan bahwa pada zaman peperangan, klan Senju sering bertikai dengan klan Uchiha. Karena merasa pertikaian tersebut tak akan berujung, Hashirama, pemimpin klan Senju, mengajukan perdamaian pada klan Uchiha. Perdamaian itu enggan diterima oleh Madara, pemimpin klan Uchiha.
Namun karena didesak oleh orang-orang penting di klannya, Madara setuju untuk berdamai dengan klan Senju. Kemudian klan Senju dan Uchiha mendirikan desa Konoha (Konohagakure), dimana pemimpin desa tersebut diberi gelar Hokage. Untuk yang pertama kali, gelar tersebut diberikan pada Hashirama, kakak Tobirama.
Pada masa tersebut, Tobirama melatih tiga orang yang dipilihnya sendiri, disebut Tim Tobirama yang anggotanya adalah Hiruzen Sarutobi (Hokage Ketiga), Homura Mitokado dan Koharu Utatane (dua orang tersebut menjadi penasihat di Konoha).
Setelah menjadi Hokage, Tobirama memberi posisi istimewa kepada klan Uchiha sebagai tanda kepercayaannya pada klan tersebut. Ia memberi kuasa kepemimpinan atas Polisi Militer Konoha pada klan tersebut. Namun menurut Madara Uchiha, hal tersebut hanya kedok semata, dan tujuan sebenarnya hanya untuk menjauhkan klan Uchiha dari pemerintahan Konoha, dan menempatkan klan tersebut di bawah pengawasan ketat pasukan ANBU.
Hiruzen Sarutobi, yang bergelar sebagai Hokage ke-3, adalah karakter fiksi dari anime dan manga Naruto. Nama keluarganya terinspirasi dari nama Sarutobi Sasuke. Sarutobi berarti "Melompat seperti monyet," dan hewan panggilan tokoh ini adalah seekor monyet.
Masashi Kishimoto, pengarang komik ini, awalnya merencanakan gelar Hokage ke-3 diberikan kepada seekor anjing, tetapi rencana ini dibatalkan karena dianggap terlalu aneh. Banyak aspek dalam karakter ini yang mirip dengan cerita klasik "Perjalanan ke Barat" dari Tiongkok (Xi Hu Chuan); monyet yang ia panggil sangat mirip sekali dengan Sun Gokong, tokoh protagonis dari cerita tersebut, dan senjata utama Sarutobi mirip dengan tongkat sakti mirip Sun Gokong.
Sarutobi adalah murid dari Hokage ke-2. Dia bersama dua orang temannya menjadi bimbingan Hokage ke-2. Setelah dewasa, dia membimbing tiga orang anak yang akan menjadi Sennin legendaris, yaitu Tsunade, Jiraiya, dan Orochimaru.
Sarutobi adalah Hokage ke-3 di Konoha. Perawakannya seperti kakek-kakek seperti pada umumnya. Rambutnya yang mencuat ke atas mirip seperti anaknya, Asuma dan cucunya, Konohamaru. Matanya agak sipit dan bola matanya berwarna hitam. Dia tidak memiliki kumis, tetapi memiliki sejumput janggut. Kemiripannya dengan Asuma bisa dilihat apabila dia melepas capingnya. Penampilannya sehari-hari sangat khas. Dengan jubah putih dan caping, dia bisa dikenali dengan mudah. Dia juga sering diperlihatkan menghisap cerutu. Kalau dibutuhkan, dia akan menggunakan jubah tempurnya, yang menyerupai baju zirah samurai tetapi tanpa pelindung dada.
Sarutobi adalah seorang hokage yang tangguh. Pada masa muda, dia juga menjadi guru bagi Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru. Salah satu muridnya pun telah menjadi seorang Hokage, yaitu Tsunade. Sarutobi disebut juga sebagai profesor di dunia ninja karena bisa menggunakan semua jutsu yang ada di konoha.
Dalam serial manga dan anime Naruto, Minato Namikaze, juga dikenal sebagai Hokage Keempat (Yondaime Hokage) alias Yondaime, adalah seorang ninja yang telah menyegel siluman rubah berekor sembilan kedalam tubuh anaknya, Naruto Uzumaki. Setelah melakukan penyegelan dan meyakinkan penduduk agar tidak menganggap Naruto sebagai monster melainkan sebagai pahlawan, Minato meninggal akibat efek samping dari jurus tersebut.
Minato digambarkan sangat mirip dengan anaknya, dan mereka memiliki sejumlah hubungan dan persamaan. Minato bersama dua orang genin yang tidak dikenal adalah murid dari Jiraiya. 
Ia juga merupakan guru dari Kakashi Hatake, Obito Uchiha, and Rin. Minato Namikaze memiliki seorang istri bernama Kushina Uzumaki dan seorang putra bernama Naruto. Nama Naruto mengikuti nama keluarga ibunya, yaitu 'Uzumaki'.
Dikatakan bahwa Minato merupakan ninja terhebat yang dihasilkan Konoha, dengan bakat alami yang sangat jarang. Minato menciptakan beberapa teknik istimewa, termasuk Hiraishin no Jutsu yang bisa membuatnya tiba di lokasi manapun secara cepat, dengan menggunakan segel khusus, atau jutsu-shiki. Dengan menggabungkan segel ke dalam sebuah kunai atau musuh, Minato dapat berpindah tempat ke lokasi segel tanpa menarik perhatian. Kemampuan ini membuatnya dijuluki sebagai "Konoha's Yellow Flash" atau Si Kilat Kuning dari Konoha.
Tsunade adalah karakter fiksi dari anime dan manga Naruto. Ia adalah cucu dari Hokage Pertama, keponakan dari Hokage Kedua, dan kunoichi dari tiga sennin legendaris dan sekarang dikenal sebagai Hokage Kelima. Tsunade adalah seorang ninja medis dan juga "penjinak siput". Perlu diketahui bahwa Tsunade adalah Hokage sekaligus Kage wanita pertama di seluruh dunia.
Tsunade bisa dikenali dari wajahnya yang relatif cantik berumur 50-an, 
berambut pirang, dan berdada sangat besar. Biasa memakai kimono dan celana panjang. Kepribadiannya bisa amat buruk dan judes, sama seperti Sakura.
Menurut informasi yang dihimpun Jiraiya, terkadang dia merubah wujudnya menjadi wanita setengah baya, nenek-nenek renta, bahkan seorang gadis berumur 14 tahun untuk menghindari penagih hutang yang tidak bisa dibayarnya karena selalu kalah dalam judi. Tsunade memiliki segel bayangan di dahinya untuk menyimpan chakra yang digunakan pada saat-saat kritis.
Tsunade juga terkadang suka memanfaatkan bawahannya setelah menjadi hokage, walaupun tidak keterlaluan (tapi kadang kadang bisa keterlaluan juga kalau Tsunade marah). Tsunade juga takut akan darah karena kenangan buruk di masa lalunya.
Naruto memiliki ciri-ciri yang khas di bagian pipinya. Ciri itu ialah berupa kumis di bagian pipinya. Ciri itu merupakan ciri dari seorang Jinchuuriki, perlu diketahui bahwa tanda itu merupakan tanda kumis yang terdapat pada Kyuubi.
Naruto lazimnya mengakses chakra Kyuubi kepada dirinya dalam keadaan yang emosional atau dalam keadaan yang terancam. Walaupun Jiraiya yang sehabis latihan, menjelaskan bahwa Naruto bisa memanggil kuasa dari Kyuubi tanpa menghilangkan pikirannya terutama tidak berekor.
Untuk melakukan ini, Naruto harus berusaha melawan musuhnya agar Kyuubi memberinya sedikit chakra. Kyuubi kelihatan untuk mematuhi hanya karena dia melihat keberanian Naruto, dan fakta itu tidak demikian akan mengakibatkan kematian Naruto, yang mana akan berarti kematian pula pada Kyuubi.
Di dalam anime movie Naruto Shippuden 2 : Broken Bond, Naruto, Sai, Sakura, dan Yamato melakukan perjalanan ke negara Api untuk melakukan investigasi tiga legendary ninja. Ditengah investigasi, mereka bertemu dengan Sora dan menjadi teman. Setelah semua berlalu, Sora melawan musuhnya dengan Chakra Kyuubi dan membuatnya menjadi Psuedo-Jinchuuriki, merupakan generasi seorang Kyuubi Naruto. Kyuubi merupakan hewan yang besar dengan kekuatan yang komplit. Dengan intelijennya, hewan ini merupakan hewan yang berbahaya. Tetapi, dia memiliki jiwa yang baik, dari respek Minato dan Naruto.
Walaupun memiliki Bijuu Kyuubi di dalam tubuhnya, namun Naruto menjalani hidup sengsara dan tidak memiliki teman karena warga desa Konoha takut akan bahaya yang datang jika anak mereka berteman dengan Naruto. Di dalam ujian Chuunin. Bijuu ini disegel sementara oleh Orochimaru, agar Naruto tidak bisa mengeluarkan chakra Kyuubi yang ada di dalam tubuhnya. Namun, segel ini dibuka kembali oleh Petapa Genit Jiraiya. Chakra ini sangat membantu bagi Naruto, seperti Naruto melawan Neji di Ujian Chuunin. Dan dengan Bijuu ini pula Naruto bisa mengimbangi Sasuke dengan Kyuubi ekor satu sewaktu melawan Sasuke di jurang kematian.
Kekuatan Bijuu ini sangat hebat. Dia bisa mengeluarkan Chakra dari mulutnya yang sangat besar. Perlu diketahui bahwa Bijuu ini memiliki Chakra yang tidak terbatas. Yang bisa mengalahkan Bijuu ini hanyalah satu orang yaitu Uchiha Madara. Dan dia jugalah dalang di balik serangan Kyuubi ke desa Konoha. Selain itu, hanya mata Sharingan yang bisa masuk di tubuh Kyuubi. Contohnya Sasuke yang bisa berbicara dengan Bijuu Kyuubi tersebut di dalam tubuh Naruto.
Di dalam Naruto Shippuden, Kyuubi berkembang menjadi ekor dua dalam pertarungannya dengan Deidara. Dan menjadi ekor empat melawan Orochimaru. Bijuu ini diincar oleh Pemimpin Akatsuki yaitu Pein. Pein masuk ke desa Konoha untuk mencari Naruto. Namun Naruto tidak ada di dalam desa karena sedang berlatih bersama Fukasaku untuk melebihi kekuatan Pein dan sekaligus membalas kematian Jiraiya.
Bijuu ini tampil di dalam anime dan manga Naruto di bagian depan. Diketahui bahwa Bijuu ini dulunya sangat tidak terkontrol dan merusak semua yang ada dihadapannya. Namun, akhirnya Bijuu ini disegel oleh Yondaime Hokage keempat atau Minato Namikaze di dalam tubuh bayi bernama Uzumaki Naruto. Segelan ini harus membutuhkan pengorbanan nyawa bagi yang melakukannya. Dan seperti diketahui Yondaime mati menggunakan Jurus segelan itu.
Kyuubi dulunya bertemu dengan klan Uchiha yaitu Uchiha Madara pemilik asli Mangekyo Sharingan dan menggunakan mata itu untuk mengalahkan Senju Hashirama, Hokage pertama. Pertarungan itu sangat dahsyat dan pertarungan itu juga menyebabkan terbentuknya jurang kematian, tapi untuk mengontrol Kyuubi Uchiha Madara mati. Bertahun-tahun telah berlalu, dia menggunakan Kyuubi untuk menyerang desa Konoha (Madara mengklaim bahwa Kyuubi itu menyerang desa Konoha tidak dengan pengaruh klan Uchiha, tetapi dengan nalurinya sendiri). Selagi penyerangan, Kyuubi memancing semua ninja untuk datang, tapi Minato Namikaze dan Gamabunta mengalahkannya. Setelah mereka mengalahkan Kyuubi, Minato menyegel Kyuubi tersebut di tubuh Naruto, dan menghilangkan kontrol Madara. Sejak beberapa saat kemudian, Kyuubi memiliki sebuah kenanga spesial dengan Sharingan dan orang yang memakainya. Kyuubi lalu menandai mata Uchiha Sasuke dan chakra yang dimilikinya lebih dikenalnya, karena Sharingannya mirip dengan Uchiha Madara.
Sokou Bijuu Ekor Empat
Sokou atau Bijuu Ekor Empat adalah makhluk ayam yang mempunyai ekor panjang sebanyak empat buah Yonbi dengan Jinchuuriki seorang kakek yang bernama Roùshi (tapi beberapa sumber mengatakan namanya adalah Shijio Anao) yang ditangkap oleh Kisame Hoshigaki.
Jinchuuriki ini menggunakan kombinasi elemen tanah dan elemen api menjadi elemen lava. Bijuu berekor empat ini telah ditangkap dan disegel oleh Akatsuki.
Gobi Bijuu Ekor Lima
Gobi Bijuu Ekor Lima adalah anjing bereekor lima yang disetiap ekornya memiliki elemen berbeda-beda (dalam dunia Naruto). Setiap ekor makhluk ini merepresentasikan setiap-tiap kekuatan elemental: Api, Angin, Air, Tanah, dan Petir. Itu bisa mengakibatkan kerusakan dahsyat bila digunakan.
Kemampuannya ialah menggunakan semua elemen maupun mengkombinasikannya. Setiap elemennya juga bisa menyebabkan bencana tergantung jenisnya. Hokou bermaksud menghancurkan alam untuk mendapatkan kembali lima elemen ini. Dia mengalami cedera berat ketika menantang Kyuubi berdua dengan Nekomata. Cukup aneh, dia adalah dewa ilusi. Hokou hidup di pohon besar yang sudah berumur panjang.Jinchuuriki adalah seorang ninja berelemen lima dari desa kirigakure. Gobi Bijuu Ekor Lima ini memiliki status masih aktif aktif atau belum ditangkap oleh anggota akatsuki.
Rokubi Bijuu Ekor Enam
Rokubi Bijuu Ekor Enam adalah musang atau sejenis linsang yang mempunyai enam ekor, mempunyai 4 kaki dan kuku yang amat tajam kemungkinan adalah Raijuu. Bila meraung seperti guntur. Aslinya, dia adalah dewa petir, tetapi karena pengaruh kekuatan Yamata no Orochi dia berubah menjadi monster. Raijuu bisa mengeluarkan listrik dalam jumlah besar untuk keperluan pertarungan. Bulunya berwarna emas dan ujungnya berdiri. Memiliki enam ekor yang bentuknya seperti petir, seperti dewa petir kuno.
Jinchuuriki adalah seorang ninja muda dan belum diketahui dari mana berasalnya. Gobi Bijuu Ekor Lima ini telah ditangkap oleh anggota akatsuki.
Nanabi Bijuu Ekor Tujuh
Nanabi adalah bijuu yang belum diketahui kemungkinan Kaku si ekor tujuh atau Suzaku, Phoenix, salah satu hewan legenda.
Kanjinya juga bisa dibaca sebagai Mujina, yaitu nama subspesies dari tupai (Meles Meles Anaguma) yang ada di beberapa tempat di Jepang. Dia berasal dari altar pengorbanan di pinggiran Nagoya. Kaku mempunyai tujuh ekor dan yang terkecil diantara para Bijuu, walaupun begitu dia adalah Bijuu terlicik dan paling "penyusup" dari sembilan Bijuu lainnya. Kaku memburu mangsanya dari dalam tanah sepanjang waktu. Dia membunuh dengan melongsorkan/menghancurkan bagian tanah dibawah mangsanya, membuatnya jatuh tepat di mulutnya yang sudah terbuka lebar. Di atas tanah, dia bisa berubah menjadi apa saja, asalkan dia mempunyai tanah liat. Tubuhnya berwarna biru.
Jinchuuriki adalah seorang ninja Kunoichi dari desa Takigakure dan telah ditangkap dan disegel Akatsuki. Gobi Bijuu Ekor Lima ini memiliki status masih aktif aktif atau belum ditangkap oleh anggota akatsuki.
Ushi-oni atau Hachibi Bijuu Ekor Delapan
Hac
hibi adalah Banteng berekor delapan (gabungan dari banteng dan gurita). Jinchuuriki adalah Killer Bee Ninja berasal dari Kumogakure. Memiliki kemampuan khusus yang dapat menyemburkan bola api raksasa.
Sebelumnya, banyak yg mengira bijuu ini adalah Yamata no Orochi dan kabarnya pemilik Yamata no Orochi ialah Orochimaru. Namun pada Naruto chapter 412 dinyatakan bahwa bijuu ini berbentuk banteng dengan kaki gurita berjumlah 8. Kekuatannya belum diketahui pasti. Namun, dia bisa menyemburkan semacam bola api raksasa seperti punya Naruto pada wujud ekor 4 tapi lebih besar.
Sasaran Bijuu ini adalah tim Eagle. Tim Eagle yang diketuai Sasuke tiba di tempat Killer Bee. Killer Bee langsung menyerang Sasuke. Pertarungan dengan jurus-jurus yang hebat pun diperlihatkan mereka. Setelah terdesak Killer Bee langsung merubah dirinya menjadi Ushi-oni. Tim Eagle pun sangat terdesak.
Akhirnya Sasuke telah mengalahkan jinchuuriki bijuu ini dengan jurus Amaterasunya dan mengorbankan Karin, Suigetsu. Kemudian membawanya ke sarang Akatsuki. Namun ternyata itu hanya semacam klon palsu yg dibuat jinchuuriki tersebut. Bijuu ini juga mempunyai hubungan yang baik dengan jinchuurikinya. Selain itu, baru diketahui bahwa Killer Bee merupakan saudara kandung dari Raikage. Oleh karena itu, dia sangat geram mendengar kabar akan kematian Killer Bee.
Pertarungan ini juga merupakan pertarungan pertama Sasuke dengan menggunakan jurus Amaterasu. Perlu diketahui Amaterasu merupakan jurus pemberian Itachi kepada Sasuke sebelum kematian Itachi. Amaterasu ialah jurus mengeluarkan api hitam yang sangat panas dan berwarna hitam. Amaterasu ternyata sangat mempan saat melawan Hachibi ekor delapan dan membuat Bijuu tersebut tidak berdaya saat melawan Amaterasu.
Shukaku diberi gelar dewa angin oleh orang Jepang zaman dulu. Dulunya dia adalah pendeta yang terpengaruh kekuatan kegelapan Yamata no Orochi dan terkena badai pasir. Dia lalu berubah bentuk menjadi luak berekor satu dan mengandalkan jutsu angin sebagai serangannya.
Dalam manga dan anime Naruto dia disegel dalam tubuh Gaara dan menggunakan jiwa ibu kandung Gaara sebagai tumbalnya. Suna pernah memiliki dua Jinchuuriki sebelum Gaara, tetapi keduanya tewas setelah Shukaku dikeluarkan dari tubuh mereka.
Shukaku sangat pintar tetapi bertingkah seperti layaknya orang mabuk. Kata "Shukaku" sendiri dapat berarti "mabuk" dalam bahasa Jepang. Seperti Bijuu yang lain, sifat pemarah dan haus darah Jinchuuriki dapat membuatnya terpancing untuk keluar dan menghancurkan apa yang ada di sekitarnya. 
Semasa perang besar antar desa ninja, masing-masing desa berlomba-lomba mendapatkan Bijuu yang ada di masing-masing negara. Kekuatan chakra Bijuu yang amat besar diharapkan dapat meningkatkan kekuatan militer negara tersebut.
Dalam alur cerita, Akatsuki sedang mengumpulkan kesembilan Bijuu ini. Mereka melakukan hal ini untuk mendapatkan cakra dari para bijuu. Terutama Kyuubi. Karena Kyuubi memiliki cakra tidak terbatas.
Mereka menangkap Jinchuuriki dan membawa mereka ke tempat rahasia di mana Fuin jutsu (Naruto) Sealing Technique: Illusionary Dragon Nine Consuming Seals|Fuin Justu, jutsu penyegelan Bijuu dilakukan untuk mengeluarkan Bijuu dari tubuh Jinchuurikinya.
Sampai saat ini sudah tujuh Bijuu yang mer
eka dapatkan yaitu Shukaku atau Ichibi, Nekomata atau Nibi, Sanbi, Yonbi, Gobi, Rokubi, Nanabi. Berarti hanya tinggal dua Bijuu lagi yang belum Akatsuki dapatkan, yaitu Kyuubi dan Ushi-oni atau Hachibi. oleh karena itu, pada naruto manga bab 419, Akatsuki menurunkan Pein untuk menangkap Naruto di desa Konohagakure.
Itachi Uchiha adalah seorang ninja pelarian yang berasal dari Konohagakure, partnernya adalah Kisame Hoshigaki, dan merupakan anggota Akatsuki pertama yang diperkenalkan. Itachi adalah salah satu dari Klan Uchiha yang tersisa, yang lainnya adalah adiknya Sasuke Uchiha dan Madara Uchiha (yang dikenal juga sebagai Tobi). Ia bertanggung jawab atas beberapa peristiwa dalam serial ini, seperti pembantaian Klan Uchiha dan keluarnya Orochimaru dari Akatsuki.
Masuk ke dalam daftar 'Bingo' yaitu daftar ninja yang harus dibunuh yang memiliki kekuatan lebih. Merupakan kriminal kelas S yang berbahaya dan sangat kuat. Ketika umur 7 tahun lulus akademi, umur 8 tahun menguasai Sharingan, umur 10 lulus ujian Chuunin, umur 13 menjadi pemimpin pasukan Anbu, dan pada umur 15 tahun masuk ke sebuah organisasi kriminal bernama Akatsuki. Di umur 13 tahun, dia membantai seluruh anggota klan Uchiha yang terkenal kuat hanya dalam semalam. Motifnya tidak diketahui, tetapi ia mengatakan untuk mengukur seberapa kuat dirinya. Dia hanya menyisakan adiknya, Sasuke Uchiha.
Itachi juga memberitahukan Sasuke untuk menguasai Mangekyou Sharingan dengan cara membunuh sahabat terdekatnya.Itachi sendiri membunuh sahabatnya yang bernama Shisui Uchiha. Itachi telah membuka serta menguasai misteri dari Sharingan dan Mangekyou Sharingan. Ia juga adalah seorang ahli yang luar biasa dalam ninjutsu dan genjutsu. Sasaran bijuu Itachi adalah Siluman rubah berekor sembilan.
Orochimaru adalah seorang mantan anggota Akatsuki, yang sebelumnya berpasangan dengan Sasori. Ia menggunakan teknik Fushi Tensei berusaha untuk mencuri tubuh dari Itachi Uchiha, tetapi berhasil digagalkan Itachi dengan melumpuhkannya dan memotong tangan kirinya.
Setelah kejadian ini, Orochimaru meninggalkan Akatsuki, dengan tetap membawa cincin Akatsuki yang masih tertinggal di tangan dari tubuh aslinya.
Orochimaru berniat untuk mengeliminasi Akatsuki, walaupun ia dianggap telah mati. Apapun hubungan yang tersisa antara Orochimaru dan Akatsuki, kelihatan mirip dalam waktu bekerja, di mana Orochimaru mempersiapkan waktu selama tiga tahun untuk mengambil tubuh Sasuke dan Akatsuki dalam mengangkap semua siluman berekor.
Sasori atau dikenal sebagai Sasori si pasir merah adalah seorang ninja pelarian yang berasal dari Sunagakure. "Sasori" juga berarti kalajengking. Setelah kematian kedua orangtuanya, Sasori dibesarkan oleh neneknya, Chiyo, yang mengajarnya segala sesuatu tentang boneka. Setelah teruji mahir dengan kemampuannya, Sasori menggunakan pengetahuan barunya itu untuk mengubah tubuh kedua orangtuanya menjadi boneka dengan usaha agar bisa dicintai. Karena mereka hanyalah boneka tanpa emosi, karya ini menjadi gagal, dan ia meninggalkan Sunagakure selama dua puluh tahun sampai ia diperkenalkan. Suatu waktu setelah meninggalkan desanya, Sasori bergabung dengan Akatsuki dan akhirnya berpasangan dengan Orochimaru. Setelah Orochimaru meninggalkan Akatsuki, Sasori berpasangan dengan Deidara, meskipun dendamnya terhadap Orochimaru selalu dibawanya.
Dalam kemitraannya dengan Deidara, keduanya sering berdebat, khususnya tentang pertentangan pandangan mereka dalam seni. Deidara beranggapan bahwa seni itu adalah sesuatu yang cepat hilang, sementara Sasori meyakini bahwa seni yang bagus adalah sesuatu yang indah yang bisa bertahan lama sampai ke masa depan. Ini mencerminkan sifat dasar individu mereka (Deidara membuat pahatan tanah liat yang bisa meledak, Sasori membuat boneka-boneka manusia yang bisa bertahan lama). Deidara dari luar kelihatannya menghargai keyakinan Sasori terhadap seni, meskipun Sasori tidak menghargai keyakinan Deidara. Ia juga tidak menyukai menunggu dan membuat orang menunggu. Sebagai anggota Akatsuki, Sasori ditugaskan untuk menangkap salah satu dari siluman berekor (Bijuu), walaupun percakapan singkat antara dia dengan Deidara menjelaskan bahwa ia bahkan tidak tahu siluman berekor mana yang harus ditangkapnya.
Dalam pertarungan, Sasori menggunakan boneka-boneka, di mana favoritnya adalah Hiruko, yang dikendalikan dari dalam untuk melindungi dirinya dari serangan musuh. Karena Sasori sering menggunakan Hiruko, bahkan menghiasinya dengan pakaian Akatsuki, kebanyakan orang hanya dapat menerimanya selama ia menggunakan boneka itu. Jika Hiruko terbukti tidak berguna lagi, Sasori dapat menggunakan dirinya sendiri dalam pertempuran, dikarenakan tubuhnya telah diubah menjadi boneka. Ini juga memberikan keuntungan baginya untuk tampil muda secara tidak wajar. Tubuh boneka Sasori membuat ia dapat mengontrol ratusan boneka dalam sekali melalui mekanisme pada dadanya yang dapat menghasilkan banyak benang chakra. Karena boneka tidak dapat mengendalikan chakra, Sasori telah mengawetkan jantungnya dalam sebuah peralatan berbentuk silinder, yang membolehkannya menggunakan boneka dalam pertarungan. Karena hanya jantungnya yang merupakan bagian yang hidup dari dirinya, tubuh bonekanya pada hakekatnya tidak dapat dihancurkan, sehingga ia dapat kembali ke bentuknya yang semula jika ada bagian remuk. Sebagai tambahan, ia dapat memindahkan jantungnya ke boneka yang lain, dan meninggalkan tubuh yang sudah tidak bisa diperbaiki.
Sebagian besar boneka Sasori terbuat dari tubuh manusia. Setelah organ-organ dalam tubuh dikeluarkan, darahnya dikeringkan, kemudian tubuh tersebut diawetkan agar tidak membusuk, selanjutnya bisa digunakan sebagai "Boneka Manusia". Karena boneka-boneka ini sebelumnya adalah manusia, mereka sanggup menggunakan chakra dan jutsu, memberikan mereka keuntungan yang drastis di atas boneka pada umumnya. Ia mengatakan bahwa ia memiliki 298 beneka berjenis seperti ini. Boneka manusia favoritnya adalah Kazekage ke-3, yang diculik dan dibunuh sebelum meninggalkan Sunagakure, yang juga berarti ia dapat menggunakan kemampuan khusus Pasir Besi Kazekage ke tiga. Dengan Aka Higi: Hyakki no Soen berarti, teknik rahasia merah: Pengendali 100 boneka, Sasori dapat memanggil seratus boneka manusia yang menjadi pasukannya, di mana mereka merupakan lawan sasori yang sudah dikalahkan. Untuk meningkatkan kekuatan serangan bonekanya, Sasori menambahkan racun pada boneka ciptaannya. Efek dari racun ini segera bereaksi dan dapat membunuh targetnya setelah menderita selama tiga hari. Hanya ninja medis yang sangat berbakat yang dapat menciptakan penawar racun ini.
Sasori memiliki sejumlah mata-mata yang tersebar dalam dunia Naruto, yang dikendalikannya melalui pikiran. Salah satunya adalah Yura, yang digunakan Sasori untuk memudahkan Deidara menangkap Gaara. Setelah Deidara berhasil dalam tugasnya dan siluman berekor satu Shukaku berhasil dikeluarkan Akatsuki dari Gaara, rombongan Naruto tiba untuk mendapatkan kembali Gaara. Setelah rombongan ini terbagi untuk bertarung melawan Deidara dan Sasori, Sasori harus berhadapan dengan Chiyo dan Sakura Haruno. Dengan mengendalikan Sakura sebagai boneka, Chiyo berhasil menolongnya menghancurkan Hiruko dan Kazekage ke tiga. Agar bisa memenangkan pertempuran ini, Sasori menggunakan pasukan bonekanya untuk mengalahkan pasangan Chiyo-Sakura, meskipun boneka Chiyo dapat mengalahkannya. Setelah tubuh bonekanya tidak dapat bergerak lagi, Sasori berpindah ke tubuh boneka yang baru, dan berusaha menyelinap untuk menyerang Chiyo, walaupun Sakura menghalang serangan tersebut. Menggunakan kesempatan ini sebagai keuntungannya, Chiyo memanggil boneka kedua orang tuanya, yang telah dipersiapkannya sejak berangkat dari Sunagakure, yang kemudian menusuk jantung Sasori dalam pelukan boneka itu. Sebagai hadiah bagi Sakura yang telah mengalahkannya Sasori memberitahukan tentang mata-matanya Kabuto Yakushi dan kapan serta di mana ia dapat menemuinya.
Kakuzu adalah seorang ninja pelarian dari Takigakure dan partnernya Hidan. Kanji pertama dalam nama Kakuzu adalah kakugyo yang berarti menteri dalam permainan Shogi. Kakuzu adalah seorang individu yang rakus, mengutamakan seberapa berharga suatu benda, dan selalu hanya bergantung untuk mencari uang. Penghasilan favorit Kakuzu ialah mengumpulkan hadiah selama menjalankan misinya, bahkan bersama-sama dengan agama Hidan membuatnya lebih cepat untuk mengoleksi hadiah-hadiah tersebut. Sejarahnya sebagai pemburu hadiah telah berjalan lama, dan ia sudah terbiasa dengan syarat-syarat sebagai pengoleksi bahkan telah menghafal informasi serta hadiah yang akan diberikan setelah menangkap target tersebut. Pandangan tentang uang ini mengakibatkan Kakuzu menjuluki dirinya sebagai "Bendahara Akatsuki", meskipun tidak diketahui apakah ini merupakan posisi yang sebenarnya. Kakuzu juga mempunyai bankir dan akuntan pribadi. Walaupun tertarik pada uang, ia menempatkan perintah Pein sebagai kesempatan untuk membuat keuntungan.
Kakuzu memiliki struktur tubuh khusus yang terdiri dari banyak benang hitam tajam yang melalui seluruh tubuhnya, yang dapat digunakan untuk memisahkan bagian tubuhnya untuk serangan jarak jauh. Benang-benang ini dapat digunakan juga untuk menyerang dan menusuk tubuh lawannya. Benang-benang ini rupanya terbatas dan digunakan Kakuzu untuk mengubah penampilannya dan secara visual dapat meningkatkan ukuran tubuhnya. Benang-benang Kakuzu juga memungkinkan ia untuk memasukan organ asing yang lain ke dalam tubuhnya, serta dapat memperpanjang hidupnya selamanya dengan mengambil organ sehat orang lain. Ia telah menggunakan teknik ini untuk memperpanjang hidupnya, karena ia mengklaim bahwa dirinya pernah bertarung dengan Hokage Pertama. Yang paling menyolok adalah Kakuzu bisa menyimpan sampai empat jantung extra, yang disimpan dalam topeng binatang yang dijahit di punggungnya. Setiap topengnya dapat memisahkan diri serta menyerang secara bebas.
Setelah terpisah dengan tubuhnya, topeng ini dapat mengeluarkan ledakan berelemen chakra yang sangat kuat, di mana setiap ledakan diberikan nama: Katon: Zukokku, Futon: Atsugai dan Raiton: Gian. Topeng-topeng ini juga dapat bergabung untuk meningkatkan keampuhan serangannya. Jika jantung di tubuh Kakuzu dihancurkan, salah satu topengnya dengan cepat dapat bergabung kembali dengannya agar jantung tersebut dapat digunakannya, dan mengakibatkan topeng tersebut hancur. Kakuzu juga menggunakan pertahanan jurus berelemen tanah "Tubuh Besi" yang meningkatkan kekuatannya dan membuatnya kebal terhadap serangan fisik.
Kakuzu sangat tidak menyukai bahwa faktanya ia membutuhkan partner sebagai anggota Akatsuki, menurut kebiasaannya yang membunuh siapapun di sekelilingnya (termasuk partner) ketika sedang marah. Dengan membunuh seluruh partner sebelumnya, mengakibatkan Kakuzu dipasangkan dengan Hidan. Keduanya tidak menyukai kemitraan mereka.
Ketika Hidan and Kakuzu melakukan perjalanan melalui Land of Fire untuk menyelesaikan pertempuran sebelumnya, mereka bertemu dengan sekelompok ninja Konoha yang terdiri dari empat orang. Setelah pertarungan dimulai, Kakashi Hatake dapat menusuk Kakuzu dengan Raikiri, menghancurkan salah satu topengnya. Jantung yang sebenarnya tidak cedera, kemudian Kakuzu mengeluarkan tiga topeng lainnya untuk menyerang ninja Konoha. Disaat ia hampir menang, Shikamaru Nara berhasil menipu Hidan menggunakan teknin seperti voodoo, mengakibatkan ia kehilangan lagi satu jantungnya. Setelah mengambil jantung dari salah satu topengnya, Kakuzu bersiap-siap untuk menghabisi lawannya, namun kedatangan bantuan menghentikan serangannya. Naruto Uzumaki bertempur melawan Kakuzu dan berhasil mengalahkannya menggunakan Futon: Rasenshuriken yang memukul Kakuzu sampai ke bagian selnya dan memutuskan seluruh urat sarafnya. Kakuzu sudah tidak dapat bergerak lagi. Dengan sisa kekuatannya, ia berusaha mencari tahu bagaimana ia bisa dikalakan oleh seorang "anak kecil". Setelah itu ia berakhir ditangan Kakashi.
Hidan adalah anggota kedua terbaru yang suka bicara kotor dan partnernya Kakuzu. Kanji pertama dalam nama Hidan adalah hisha, yang berarti benteng dalam permainan shogi. Ia adalah seorang penganut agama bernama 'Jashin', sebuah kepercayaan yang menyembah dewa Jashin dan apapun yang tidak meghasilkan pengrusakan dianggap sebagai dosa. Sebagai bagian dari agamanya, hidan memiliki sebuah jimat berbentuk segitiga terbalik di dalam lingkaran. Sebelum pertarungan dimulai, ia berdoa pada jimat ini, meminta pengampunan dan juga agar targetnya harus ditangkap hidup-hidup. Setelah pertarungan dimulai, hidan sangat tidak suka jika pertarungannya diinterupsi atau dipaksa untuk berhenti. Setelah bertarung, ia melakukan ritual 30 menit sesuai dengan kepercayaannya, yang memuncak dengan menikam dirinya sendiri di dada dan berbaring di atas tanah.
Hidan rupanya tidak bisa mati. Ia masih memiliki kemampuan untuk berbicara serta dapat bertahan hidup walaupun berada dalam kondisi sekarat dengan dipenuhi banyak luka, serta lehernya terpenggal. Meskipun ia dapat hidup dalam bagian yang terpotong, Hidan harus terhubung dengan tubuhnya agar bisa dikendalikan. Walaupun kenyataannya ia tidak bisa mati, Hidan menyatakan secara terbuka sebelum pertarungan bahwa ia mengharapkan dapat dibunuh oleh lawannya. Dalam pertarungan, Hidan memegang sabit besar bermata tiga yang digunakan sebagai sebuah proyektil yang dikendalikan dengan sebuah tali yang membungkus pergelangan tangannya. Walaupun ia mampu untuk menyerang ninja paling berbakat dengan senjatanya, Hidan mengklaim bahwa sabitnya membuat dia menjadi penyerang terlambat dalam Akatsuki. Tiga mata sabit besarnya tidak dimaksudkan untuk meningkatkan kerusakan dari serangannya, melainkan untuk meningkatkan kesempatannya untuk mengambil darah musuhnya.
Setelah ia mendapatkan darah lawannya serta memakannya, Hidan menggunakan darahnya sendiri untuk menggambar simbol dalam 
jimatnya di tanah. Kemudian Hidan mengalami sebuah transformasi, menjadikan hampir dari seluruh kulitnya berwarna hitam. Selanjutnya Hidan menggambar garis putih secara kasar pada posisi yang sama dengan tulangnya. Dikombinasikan dengan sabit besarnya, transformasi ini menjadikannya seperti Grim Reaper. Setelah transformasinya sempurna, Hidan dan musuhnya menjadi "terhubung", dan segala kerusakan yang diterima Hidan berlaku juga untuk musuhnya (seperti boneka voodoo). Selama berada dalam simbol tersebut, Hidan menggunakan tombak sebagai ganti dari sabit besarnya untuk melukai tubuhnya sendiri, mengakibatkan sakit yang bukan main ke tubuhnya dan lawannya. Dikarenakan tidak bisa mati, Hidan tidak terluka oleh serangan tersebut, melainkan itu merupakan suatu kesenangan baginya. Setelah mempermainkan musuhnya dengan memberiakn luka yang tidak mematikan, Hidan menikam dadanya, yang mengakibatkan lawannya terluka, dan transformasinya kembali seperti semula. Meskipun itu menjadi teknik yang sangat berguna, Hidan harus tetap berada di dalam simbol. Jika ia meninggalkan simbol tersebut, transformasi serta "hubungan" antara Hidan dan musuhnya masih ada, membuatnya hanya perlu untuk kembali ke dalam simbol dan mengulang tekniknya.
Meskipun ia adalah seorang anggota Akatsuki, Hidan tidak menyukai banyaknya formalitas yang dibutuhkan, teristimewa menjadi pasangannya Kakuzu. Lebih spesifik, ia tidak menyukai kenyataannya bahwa Kakuzu bertarung semata-mata hanya demi uang. Kakuzu juga tidak menyukai kemitraan mereka, dan memiliki sedikit kesabaran untuk gaya bertarung dan ritual Hidan yang memakan waktu. Walaupun demikian, dikarenakan kebiasaan Kakuzu yang suka membunuh semua pasangannya dan Hidan yang tidak bisa mati, keduanya masih tetap berpasangan, di mana Kakuzu dapat menyerang Hidan tanpa perlu ragu lagi untuk mendapatkan pasangan yang baru. Ini juga memungkinkan keduanya untuk menggabungkan serangan, di mana Hidan dapat mengalihkan musuh sementara Kakuzu menyerang dari jauh tanpa meragukan keselamatan Hidan. Kemitraan Kakuzu juga sangat berguna, di mana benangnya dapat menjahit bagian apa saja dari tubuh Hidan kembali seperti semula, mengakibatkan lukanya dapat sembuh tepat waktu. Hidan juga kelihatannya tidak menyukai Pein dan secara terbuka tidak menghormatinya didepan anggota yang lain.
Hidan dan Kakuzu kemudian melakukan perjalanan melalui Land of Fire, di mana Hidan harus berhadapan dengan Asuma Sarutobi. Setelah membentuk sebuah "penghubung" dengan Asuma dan bersedia untuk membunuhnya, Hidan dihentikan oleh Shikamaru Nara. Meskipun Shikamaru dapat menghancurkan "penghubung" tersebut dan membolehkan Asuma memenggal kepala Hidan, Hidan dapat segera kembali bergabung dengan tubuhnya berkat bantuan Kakuzu, membentuk kembali "penghubung", dan membunuh Asuma. Sebelum Hidan dapat menarik perhatian Shikamaru dan anggota tim yang lain, ia dan Kakuzu dipanggil oleh Ketua Akatsuki. Setelah urusan mereka selesai, Hidan dan Kakuzu kembali untuk menyelesaikan pertempuran mereka dengan Konoha, meskipun dalam perjalanan mereka ditangkap oleh Shikamaru, yang telah menunggu mereka. Walaupun Kakuzu dapat melarikan diri, Shikamaru berhasil menggunakan teknik bayangannya pada Hidan untuk menyerang Kakuzu, walaupun akhirnya ia memutuskan untuk memancing Hidan pergi sehingga anggota tim lainnya bisa berhadapan dengan Kakuzu. Setelah mencapai tempat tujuannya, Shikamaru berhadapan dengan Hidan dan menutupinya dangan kertas ledakan, mengakibatkan terciptanya sebuah lubang di bawah Hidan. Akhirnya setelah memiliki kesempatan untuk membalaskan kematian Asuma, Shikamaru menyalakan sebuah rokok dan melemparkannya kepada Hidan, mengakibatkan kertas ledakan yang menutupinya meledak. Disaat sisa-sisanya jatuh ke dalam lubang, Hidan berjanji untuk membunuh Shikamaru bagaimanapun juga, membuat Shikamaru membalas dengan menutupu lubang tersebut sehingga Hidan terperangkap di dalam reruntuhan. Sementara tidak diketahui apakah dia masih hidup atau tidak, Akatsuki sudah tidak menganggap lagi Hidan sebagai anggota. 
Secara fisik, Naruto mempunyai sedikit ciri-ciri Kyubi seperti tanda di pipinya. Matanya juga sipit seperti serigala. Naruto memiliki stamina dan daya pemulihan yang tinggi yang membolehkan Naruto sembuh daripada kecederaan parah dalam sehari dua dan luka kecil dalam beberapa saat.
Tidak diketahui personalitas Naruto yang telah ditanamkan kyubi dalam tubuh dirinya sejak bayi. Namun, terdapat kemungkinan bahwa Kyubi menyebabkan Naruto sangat nakal dan suka membuat kesal orang lain untuk mendapat perhatian dan untuk tidak mengaku kalah dalam setiap pertarungan.
Selama di akademi, Naruto telah lama mengimpikan dirinya dikenali dan diterima orang banyak. Dengan segala cara dia akan melakukan keonaran untuk menarik perhatian. Pernah juga Naruto menconteng grafiti pada muka monumen Hokage dengan cat sebagai gadis seksi yang tidak berpakaian untuk menimbulkan kemarahan guru-guru.
Naruto berkeinginan untuk menjadi hokage suatu saat nanti tetapi banyak orang yang memandang rendah keinginannya itu. Setelah selesai akademi Naruto akhirnya dicam sebagai “Ninja Bising, Mustahil untuk Dijangka dan Hiperaktif Nomor Satu” di Konoha oleh Hatake Kakashi.
Secara fisik, Naruto mempunyai sedikit ciri-ciri Kyubi seperti tanda di pipinya. Matanya juga sipit seperti serigala. Naruto memiliki stamina dan daya pemulihan yang tinggi yang membolehkan Naruto sembuh daripada kecederaan parah dalam sehari dua dan luka kecil dalam beberapa saat.
Tidak diketahui personalitas Naruto yang telah ditanamkan kyubi dalam tubuh dirinya sejak bayi. Namun, terdapat kemungkinan bahwa Kyubi menyebabkan Naruto sangat nakal dan suka membuat kesal orang lain untuk mendapat perhatian dan untuk tidak mengaku kalah dalam setiap pertarungan.
Selama di akademi, Naruto telah lama mengimpikan dirinya dikenali dan diterima orang banyak. Dengan segala cara dia akan melakukan keonaran untuk menarik perhatian. Pernah juga Naruto menconteng grafiti pada muka monumen Hokage dengan cat sebagai gadis seksi yang tidak berpakaian untuk menimbulkan kemarahan guru-guru.
Naruto berkeinginan untuk menjadi hokage suatu saat nanti tetapi banyak orang yang memandang rendah keinginannya itu. Setelah selesai akademi Naruto akhirnya dicam sebagai “Ninja Bising, Mustahil untuk Dijangka dan Hiperaktif Nomor Satu” di Konoha oleh Hatake Kakashi.
